C'est l'église Saint-Pierre de Mougon qui sera le point de repère durant la longue période médiévale. Les ruines de cette église ont déjà parlé mais n'ont pas encore livré tous leurs secrets.
Trois campagnes de fouilles - 1936, 1949 et 1973 - ont permis de mieux connaître l'histoire de Mougon et de son église.
Les fondations prennent appui sur les vestiges d'une construction gallo-romaine, peut-être un temple, et la première église chrétienne est très ancienne, puisque Grégoire de Tours signale l'établissement d'une église par l'évêque Perpet vers 450. Il faudra attendre le IXème siècle, puis le XIIème siècle pour que ce lieu de culte prenne les dimensions plus réduites qui ont traversé de nombreux siècles. Elle a été désaffectée vers 1890 avant de tomber en ruines au début du XXème siécle.
L'mportance du site est considérable vers le IXème et le Xème siécle ; des sépultures de cette époque ont été trouvées sur plus de 4 hectares dans le voisinage de l'église. Les sarcophages sont datés avec précision, notamment depuis les fouilles spécifiques de 1965-1966. De plus les fouilles de 1936 et 1973 ont permis d'étudier des sarcophages d'époque carolingienne, à l'intérieur de l'église, antérieurs à la construction du XIIème siècle.
Mougon, dans ce moyen-âge, était un fief, c'est-à-dire un domaine noble relevant d'un seigneur, précision que l'on trouve encore sur la carte de Cassini au début du XVIIIème siècle, avec le symbole du château. Mais la position de ce fief était très forte puisqu'il était le siège d'une viguerie - sorte de tribunal - où le viguier, officier de justice, prévôt royal, rendait la justice pour le Roi et pour les seigneurs.
Quelques écrits existent sur cette période :
